Software

SplamiR - Vorhersage von miRNAs in Pflanzen

Beschreibung

MicroRNAs regulieren viele biologische Prozesse in Pflanzen und Tieren. Aktuelle Sequenzierungen hatten die Entdeckung von miRNA Genen, die Introns enthalten, zufolge. Diese konnten bisher nicht direkt aus den genomischen Sequenzen vorhergesagt werden.

SplamiR ist die erste Möglichkeit um gespließte miRNAs in Pflanzen vorherzusagen. Es nimmt genomische Sequenzen und die Sequenz einer potentiellen Ziel mRNA als Eingangsinformation. SplamiR generiert als erstes eine Datenbank von komplementären Sequenzpaaren für die gegebene genomische Sequenz. Diese Sequenzpaare könnten für RNAs codieren, die sich zu zu einer Haarnadelstruktur falten. Im zweiten Teil wird diese generierte Datenbank nach Sequenzen durchsucht, die komplementär zu der gegebenen mRNA sind. Für die gefundenen Sequenzen werden in silico Spleißvarianten generiert und klassifiziert, ob es sich dabei um pre-miRNAs handeln könnte.

Voraussetzungen

1. Linux Betriebssystem
2. Oracle/SUN Java SE Runtime Environment (getestet auf Build 1.6.0+)
3.Internetverbindung für die Nutzung des miR-abela classifier

Installation

SplamiR ist vorkompilierter für eine Linux Plattform und muss nicht installiert werden.

Bitte schauen Sie in der mitgelieferten README-Datei, des herunterladbaren zip-Archivs, für weitere Informationen nach.

Bitte beachten:

SplamiR ist leider nicht in der Lage mehrteilige FASTA Dateien zu verarbeiten. Zur Problemumgehung können Sie ihre mehrteiligen FASTA Datein mit dem folgenden Befehl in einzelne FASTA Dateien teilen:

csplit -z myfile.fas '/>/' '{*}'

Sie können dann SplamiR einzeln für die entstehenden Datein laufen lassen. Wir entschuldigen uns für die Unannehmlichkeiten und abrbeiten an einer Lösung für das Problem.